佐贺大学大学院共开设7大研究科，分别是教育学研究科、区域设计研究科、先进健康科学研究科、医学系研究科、理工学研究科、工学系研究科和农学研究科，下面就分别介绍一下佐贺大学各研究科的下设专业。

教育学研究科：教育学、教育心理学、特殊教育等专业。

区域设计研究科：艺术学和艺术地域设计等专业。

先进健康科学研究科：生物医工学、健康机能分子科学、医学、护理学等专业。

医学系研究科：医疗科学、护理学、生命科学、基础医学、临床医学等专业。

理工学研究科：数学、物理、数据科学、智能工程、功能材料化学、机械能源工程、机械系统工程、电气工程学、城市基础工程、城市基础工程、建筑环境设计等专业。

工学系研究科：数理科学、物理、化学、智能信息系统学、循环物质化学、机械系统工程、电气电子工程学、城市工程、尖端融合工学等专业。

农学研究科：应用生物科学、生物环境保护、资源循环生产学、地域社会开发学、生命机能科学等专业。