自东京帝国大学和京都帝国大学建立后，日本国内就有再在九州建立一所帝国大学的提议。1903年4月，作为京都帝国大学的分部，京都帝国大学附属福冈医科大学成立，这就是九州大学的前身；1911年，其被日本政府单独设立为“九州帝国大学”。二战后的1947年，九州帝国大学被正式更名为现在的“九州大学”
九州大学作为日本国内设立的第三所老牌旧帝国大学，在一个多世纪漫长的发展过程中，一直稳居日本九州地区特别高学府的地位。
