京都大学的理学研究科共有5个专业，每个专业以及其下面具体划分如下：
数学与数理分析专业: 数论，代数几何学，微分几何学，力学系统等等
物理与宇宙物理学专业: 冷凝系统物理实验，光量子物理实验，复杂系统实验等等。
地球与行星科学专业：地震学和地球内部物理学，地壳物理学，活结构学等等。
化学专业：有机化学，有机元素化学，有机合成化学，理论化学，量子化学等等。
生物科学专业：形态控制学，植物系统分类学，植物分子细胞生物学，植物分子遗传学等等。
