一、学部：
1、法学部：为东大历史最老，也是声望很高的学部，日本历史上很多政界要人均出自该学部。设有民主、公法、政治学 3 系，附属部门有外国法文献中心，近代日本法政史资料中心。
2、文学部：设文学、史学、语言学、行动学 4 系，附设文化交流，北海文化研究两实习实验部门。该学部亦出过众多名扬日本的文学家、诗人、俳名作家、艺人等明星。
3、经济学部：仅含经济学、经营学两系，附属有日本产业经济研究室。
4、教育学部 设教育学、教育心理学、学校教育、教育行政、体育和健康教育 5 系，附属学校有中学、高中各一所。
5、医学部：有医学、健康护理学两系，附设脑研究实验室、医学电子实验室、声音语言医学实验室、实验动物饲养室，两所附属医院，附属学校有养护学校、接生护士学校。该学部以外科，特别是脑外科在世界上十分有名。
6、理学部：设数学、信息科学、物理、天文、地球物理、化学、生物化学、生物科学、地学 9 系，附属部门有临海实验场、植物园、基本粒子物理国际中心、光谱化学研究中心、地壳化学研究室、天文学教学研究中心等。
7、工学部：东京大学最庞大的学部，含有 23 个系 109 个讲座，几乎覆盖了所在地工程学科，包括土木、机械、电子、船舶、航空、原子能、资源、金属、材料、应用化学、应用物理、计算等领域的众多学科，还设有一个工程基础系，一个原子能工程研究和综合试验场。
8、药学部：只含药学、制药化学两系，附设药用植物园。
农学部 开设农业生物学、农业化学、林业学、水产学、农业经济学、农业工程、兽医学、林产学 8 系，附设有农场，实习林场、牧场、兽医院、水产实验场、绿地植物实验场等实习实验设施。
9、教养学部：负责全校低年级学生的公共基础课，下分综合文化、地区文化、社会科学有关学科、系统自然科学、自然科学有关学科 5 系，并设有美国研究资料中心，语言文化中心、数理科学研究室等。
二、大学院（研究生院）：
研究生院设有人文科学、教育学、法学与政治学、社会学、经济学、综合文化、理学、工学、农学、药学、原子能、数理科学 12 个研究科，共分 104 个专业研究方向。研究生院又具有学部的教学功能，它设有为本科生和研究生授课的教研室一类组织 95 个，分属于 10 个相当于系一级的机构中。
1、人文社会系统研究科
2、教育学研究科
3、法学政治学研究科
4、经济学研究科
5、综合文化研究科
6、工学系统研究科
7、农学生命科学研究科
8、医学系统研究科
9、药学系统研究科
10、数学理论科学研究科
11、新领域创成科学研究科
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