筑波大学在日本排名9，在最新的US News世界大学排名中排名379，在QS世界大学排名中排名260，在THE世界大学排名中排名401-500，在ARWU世界大学排名中排名2001-300；清华大学在中国排名1，在最新的US News世界大学排名中排名50，在QS世界大学排名中排名22，在THE世界大学排名中排名17，在ARWU世界大学排名中排名45。仅从排名上来看，清华大学就比筑波大学要强很多。

从学术和科研方面，筑波大学是日本最古老大学之一，是日本超级国际化大学计划的A类顶尖大学，也是日本学术研究恳谈会、卓越研究生院计划以及东亚研究型大学协会等学术组织和项目的重要成员，有3位教授获得诺贝尔奖。清华大学是中国教育部直属，中央副部级建制，国内211和985工程重点建设大学，为九校联盟、亚洲大学联盟、环太平洋大学联盟、清华—剑桥—MIT低碳大学联盟成员，擅长理工类专业，到目前为止清华大学共培养出2名诺贝尔奖的获得者。

综上所述，清华大学要比筑波大学好很多，不过每个大学都有自己的优势，需要根据你自身的情况去选择。